Герметизация отверстий в полу в туалете

если возможно, вытащить пластиковые пробки, (если деревянные — вытащить в обязательном порядке!),  затем заполнить отверстия цементом / ровнителем / плиточным клеем(чего будет под рукой), оставив сверху до повехности пару милиметров.  

Верхний слой, после высыхания основы, залить эпоксидной затиркой в цвет кафеля

Пробок нет — пустые дырки.   Из того, что есть по рукой — гипсовая штукатурка и ротбанд… Что-то из этого подойдёт для заполнения этих отверстий? Затирка у меня на полу Церезит порошковый, влагостойкий. Я правильно понимаю, что этот затирочный порошок надо смешать с эпоксидным клеем и этой смесью залить?

из двух вариантов лучше ротбант.

под эпоксидной затиркой подразумевалась двухкомпонентная готовая затирка, но почему бы не попробовать вариант предложеный Вами — подмешать в эпоксидку церезит, который у Вас есть)

Только сначала поэксперементировать с цветовой насыщенностью, регулируя пропорцией смолы и порошка-наполнителя.

Поскольку работа на горизонтали, я бы посоветовал заливать пятачки отверстий сразу начисто — без подтирания потом по краям.

Делать это будет легче, если пока Вы будете размешивать затирку, на полу (в месте реставрации) будет стоять кастрюлька / чайник с горячей водой.  Место прогреется, и эпоксидная масса будет лучше растекаться при заполнении.   После заполнения выемки, немного ждем, что бы поверхность окончательно разровнялась и добавляем капельку-другую если окажется, что лужица немного вогнутая.  

Спасибо! Будем пробовать.